Cuando regreso de la .eu a la stock, siempre lo suelo hacer a través de MiFlash, desmarcando la casilla que viene, por defecto, abajo del todo del programa (clean all and lock), y marcando la de clean all.
Eso si. Pierdes el TWRP, pero la instalación es limpia 100 x 100. Recuerda que si usas MiFlash la ROM debe ser .tgz y que, y lógicamente, pierdes todo lo que tengas (fotos, videos, etc).