Esa es la idea. Yo tengo una cosa parecida para nexus que a lo mejor puedo adaptar para que cualquiera la pueda usar sin mayor problema.
En un .zip flasheable desde recovery se meten solamente los archivos .png con las imágenes en las rutas correspondientes a cada apli siguiendo los nombres como en el metamorph (en realidad además de imágenes se pueden insertar .xml o lo que uno quiera) y al aplicar desde recovery cada archivo va a su sitio sin necesidad de tener luego que firmar las apps porque respeta la firma.
Lo bueno es que simplemente añadiendo o quitando carpetas editas el tema a tu gusto, sin necesidad de andar modificando el archivo llave, y los temas así son siempre compatibles con cualquier rom (incluso en roms de diferentes teléfonos).
