por lo menos en las roms del super, no he probado otras, cuando una aplicacion requiere de root y permisos especiales te pide EXPRESAMENTE que le des permisos, en ese momento es cuando te das cuenta de si puede ser malo para ti.
por lo demas es un articulo sensacionalista ya que las aplicaciones seran dañinas CON o SIN root. y el instalarte cosas fuera del market no necesitas ser root solo marcando una casilla en un menu lo tienes.