Una idea que se me ocurre si tienes el recovery todavia, es que metas el port GPE y de ahi pasar al flashtool.
Si no tienes recovery, como doy por hecho que tienes el bootloader abierto, descomprime el zip de la rom y con el flashtool flashea el kernel y la rom, espera a que se inicie el movil y si arranca correctamente, prueba de nuevo a flashear la rom stock
Raro raro lo tuyo yo he estado con cyanogenmod 12 y 12.1, y no he tenido ningun problema a la hora de volver a rom stock.
Has probado a bajarte otra rom stock por si acaso la que tienes este mal.
