No se hacer las cosas que dices... Tengo flasheado el Mi 9 con la ultima versión MIUI 10 Global Estable con el programa Mi Flash e instalada la ultima versión de TWRP.
A partir de ahí no se seguir... y ni tan siquiera Mi Tool v2, que supuestamente ha sido creado para facilitar la instalación de Custom ROM, es capaz de instalar Pixel Experience de manera eficiente (huella, cámara, etc... siguen sin funcionar, bien instalándolo desde TWRP, bien instalándolo desde Mi Tool v2).