No exactamente, desde la herramienta puedes hacer root y si solo has llegado hasta el paso de abrir bootloader e instalar twrp, podrías reinstalar el recovery stock y cerrar bootloader (yo no he probado a hacerlo sin embargo al no haber tocado la partición system con el root teóricamente se debería poder), lo que si es seguro es que si quieres deshacerte del root, lo mejor es hacer backup del teléfono, hacer hard reset con el flashtool de bq (esto lo deja tal cual lo compraste eliminando toda modificación) y restaurar backup.
P.d. Si una vez hecho root, desinstalases los binarios de superusuario y regresaras al stock recovery, lo más seguro es que no pudieses cerrar bootloader ya que seguiría detectando el móvil una modificación en la partición del sistema. (No estoy seguro de esto, es una conjetura ya que nunca lo he intentado).
Mi recomendación: No te compliques y si quieres quitar el rooteo usa el flash tool.