[Maneswaith]

Ves esto es parte del scrpit que usa Alkalinorap para instalar el recovery, y una vez tienes el recovery instalado te da los pasos para instalarlo a traves del custom recovery que tengas instalado

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echo Ve al paso 3.2 del tutorial de HTCmania y descarga la version mas reciente del custom recovery que prefieras. Luego introduce el archivo .img descargado tal cual en la carpeta "files\recovery" de esta herramienta.
echo.
echo No te preocupes por nada, el script lo renombrara automaticamente a recovery.img
echo.
echo Pulsa ENTER cuando lo hayas metido en la carpeta recovery para renombrarlo e instalarlo en tu telefono.
pause > nul
CLS
echo Instalando recovery...
echo.
ren files\recovery\*.img recovery.img
files\platform-tools\mfastboot.exe flash recovery files\recovery\recovery.img
echo.
echo.
echo Si pone dos veces OKAY, el recovery ha sido correctamente instalado. Si pone FAILED en alguna de las dos, revisa si estas haciendo algo mal o si tienes el Bootloader correctamente desbloqueado.
echo.
echo No toques el telefono ni lo reinicies, puesto que aun queda el ultimo paso, el ROOT.
echo.
echo Pulsa ENTER para continuar.
pause > nul
:root:
CLS
echo.
echo Desconecta el cable y selecciona la opcion "Recovery" entre la lista de opciones del Bootloader (VOL- para bajar entre la lista de opciones y VOL+ para seleccionar, no toques para nada el boton POWER).
echo.
echo Ahora tiene que haberte arrancado el custom recovery que hayas instalado (si te arranca el original cierra el script y vuelve a ejecutarlo de nuevo), ve a "install zip from sdcard" o "install", dependiendo de si has instalado CWM o TWRP, e instala el zip que copiaste al principio en la memoria interna (el "UPDATE-SuperSU-v2.46.zip"), una vez hecho esto el telefono ya estara completamente rooteado.
echo.
echo Una vez instalado, dale a reboot system now, y vuelve a acceder al recovery apagando el telefono, pulsando VOL- y POWER y seleccionando "Recovery" entre la lista de opciones. Si arranca correctamente el que hemos instalado (CWM o TWRP), esta todo perfecto y ya hemos acabado. Si no, debemos fijarnos en que es lo que hemos hecho mal y volver a repetir el proceso.
echo.
echo.
echo Script realizado por Alkalinorap.
echo.
echo.
echo Pulsa ENTER para finalizar.

Por eso digo que no creo que haya ningun problema en usar su metodo de instalacion, y seguro que es mejor su metodo que el mio, aun que los 2 hacen la misma funcion, lo que yo uso fastboot y el mfastboot

La diferencia entre fastboot y mfastboot creo que es, que el mfastboot es para dispositivos motorola y el fastboot para todos los dispositivos

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fastboot : Fastboot es un protocolo de diagnóstico incluye con el paquete SDK utiliza principalmente para modificar el sistema de ficheros de flash a través de una conexión USB desde el ordenador host. Requiere que el dispositivo se inicie en un gestor de arranque o modo de segundo programa cargador en el que solo se realiza la inicialización de hardware más básica. Después de habilitar el protocolo en el dispositivo, aceptará un conjunto específico de comandos enviados a través de USB mediante una línea de comando. Algunos de los comandos de inicio rápido más utilizados son:

flash - reescribe una partición con una imagen binaria almacenada en la computadora host.
erase - Borra una partición específica.
reboot - Reinicia el dispositivo en el sistema operativo principal, la partición de recuperación del sistema o de nuevo en su gestor de arranque.
devices - muestra una lista de todos los dispositivos (con el número de serie) conectados a la computadora host.
format - Formatea una partición específica. El sistema de archivos de la partición debe ser reconocido por el dispositivo.


mfastboot : Motorola Fastboot (mfastboot, mfastboot-v2)

Saludos!!