Me ha pasado igual, he vuelto a poner el recovery y ya me ha salido.
Pasos que he seguido yo:
-Como todavía tenía el Flash Tool abierto, he aprovechado y lo he deseleccionado todo salvo el recovery (que ya habrás cambiado), y en vez de "Firmware upgrade" he puesto "Download only"
-He apretado el "Download", he enchufado el teléfono y... voilá, el recovery ya era el de TWRP