He comprobado esto que comentáis y en miui 12 beta sigue ocurriendo, las fotos en el modo de 108mpx en contraluz se ve que no se procesa bien o lo que sea y te guarda la foto con esa resolución en cambio si usas el modo pro con los 108mpx y todo en automático si te hace la foto a la resolución que corresponde sin importar las condiciones.
De hecho, si veis los detalles de la imagen tanto cuando usas el modo pro como cuando usas el modo de 108mpx (en condiciones normales) te da la información de la ISO, focal y todo eso sin embargo cuando haces la foto a contraluz con ese modo activado no te da ningún tipo de detalle ni nada así que obviamente no están procesando bien la foto por algún motivo cuando activas ese modo.