Sí, la garantía la pierdes una vez le abras el bootloader, no debería de ser así, pero lo es. Y en cuanto a beneficios... Realmente no muchos, excepto que la stock es Sense lite y hay ROMs con Full Sense (más personalización y demás) pero si te refieres a que el movil irá mejor... no tiene por qué. Digamos que lo que realmente te da algunos beneficios no es cambiar de ROM, si no ser usuario ROOT.