Creo que desde el simple hecho de tener root y cwm no puedes actualizar.
Y para tener acceso a root explorer con permisos de super usuario primero debes ser root.
Que alguien me corriga.
EDITO: Yo he borrado solo la basura de mi operadora, facebook (para poder instalarlo a parte y despues congelarlo con greenify), talk, gplus, y algunas otras cosillas que puedo instalar manualmente desde la playstore. Todo lo demás me gusta.