formatear la interna no elimina el sistema operativo,solo la particion de almacenamiento (lo ke si perderas son datos como las conversaciones del whatsapp,las fotos y musica ke tengas,alguna configuracion de algun programa...)
si kieres hacer una instalacion limpia,eliminando todo rastro antiguo,la mejor forma es con odin y usando el pit del s2,aun ke si dices ke no te reconoce el movil... puedes formatear la interna y luego desde recovery hacer los 3 wipes + 3 formats e instalarle la rom ke kieras,en principio no deberia dar problemas a no ser ke tengas algo corrupto :S