A mí eso me pasa, tanto el Nexus 7, como el Nexus 4, ninguno me lo detecta Windows 7, me puedo comunicar con ellos por UBS, pero Windows nunca me los a detectado, en cambio Kubuntu 13.04 (libMTP) me los detecta y me deja hacer lo que quiera con ellos, pero con Windows nada de nada. Cuando tenía el Samsung Galaxy S3, me lo detectaba pero siempre me ponía que no podía comunicarse con el por no encontrar una ID o algo así. Has probado en modo cámara de fotos (no sé ahora mismo como se llama el protocolo), por que de ese modo me cargaba siempre el S3. En Linux mira si el puesto ubs que lo conectas este no este configurado para montar otra unida, por eso no te lo reconozca, mira el archivo fstab. Por que te digo esto, por que si instalaste linux atraves de usb a veces este usb se quedaba montado en la fstab como un disco duro más, y metas lo que metas no te lo detecta por que no es la unidad que esta configurada para ese puerto usb.
Toma tocho :p