Que yo sepa, el único problema que tiene el SoC Mediatek MT6589T con el GPS es el que afecta a la lectura de los datos de velocidad y distancia que se produce en ciertas aplicaciones tipo Runtastic o Endomondo. Y al parecer no se trata de un problema de hardware, sino de software, ya que según tengo entendido tambien CyanogenMod también lo sufrió en alguna de sus versiones, pero debido a que Mediatek se niega a desvelar el código fuente del kernel en sus SoC no es posible solucionarlo
Por otra parte habría que ver también hasta qué punto los desarrolladores de Runtastic, Endomondo y las aplicaciones que fallen (no sé si existe alguna más) son responsables también de arreglar este problema, porque lo cierto es que otras aplicaciones como Google Maps, TomTom o Runkeeper sí funcionan correctamente
Quitando eso no he observado ningún problema en el GPS de mi terminal con Mediatek MT6589, todo parece funcionar a la perfección, aunque es cierto que no uso demasiado el GPS (tengo un navegador integrado en el coche).
Saludos