No estoy muy seguro de esto porque yo siempre he trasteado con mi anterior xperia y en este supongo que es parecido. Has de conectarlo al flashtool pero de alguna manera especial (en mi neo v era manteniendo la tecla atrás). Mientras esperas a que alguien con más conocimientos te ilumine, yo te diría que pruebes a conectarlo (apagado) al flashtool manteniendo apretado algún botón físico (mi instinto me dice que es volumen-) hasta que el led se quede en azul. Entonces te dejará flashear cualquier ROM sin tener que encender el terminal. Espero que en éste teléfono también funcione así.
Ah, y a pccompanion le da igual que seas root, simplemente te lo quitará. El problema es que te tiene que reconocer el teléfono estando apagado, por lo que te recomiendo intentar lo mismo.
Espero que te sirva.
Edit: sí es con vol-, aquí lo dicen.
http://www.htcmania.com/showthread.php?t=520551