el apktor te permite checar actualizaciones de las que apk que ya tengas instaladas... no sé si tendrá otra diferencia...
en cuanto a repertorios tengo 6 instalados y solo me funcionan 3:
- el de android-es.com/repo/apk (431)
- el de aptoide.com/repo (11)
- el de aptopide.com/sapo (5)