En mi caso estoy usando el twrp pero ed cuestión de gustos. Veo más fácil este que otro
y con respecto a lo del arranque es que seguro no hiciste todos los wipes.. Siempre asegurarse de hacer los 3 wipes para q no quede error y luego de flashear algún zip como las gapps o el módem haz un wipe cache / dalvik cache