Yo creo que no tiene ningún efecto negativo. El inicio rápido lo único que hace es guardar en memoria los archivos cargados del sistema cuando apagas el móvil para que cuando lo enciendas no tengan que volver a cargarse. El resto de cosas se inician igual con el inicio rápido puesto o quitado.
Y, además, como experiencia personal, lo tengo puesto desde que compré el móvil y no he notado nada fuera de lo normal.
Salu2!