Saludos @xxxsejoxxx...
No acabo de entender mucho la pregunta, no obstante, he hecho dos scripts, uno que desempaqueta totalmente la rom y otro que la vuelve a empaquetar después de haber hecho los cambios que necesitemos.
Funcionan bajo linux.
http://www.dev-puremod.es/showthread.php?tid=626
Si tienes linux estos scripts te facilitarán mucho la faena y si no lo tienes, con programas como cygwin me imagino que podrás utilizarlos.
Saludos