Para lo que pides deberías decompilar Settings.apk y SystemUI.apk (los dos se encuentran en system/app) y editar los archivos (en ese caso xml que van referidos a la tematización, y quizás algún smali(dependiendo de si lo que quieres es modificar alguna función)) y por último cambiar las imágenes.
Herramientas que te recomiendo, Apktool, Notepad++, 7zip/Winrar.
Recomendable modificar sobre una rom deodex o sino que te deodexees tu mismo (por lo menos los archivos que vayas a modificar, aunque si te pones mejor hacerlo por completo), hay un tutorial por aquí por el foro realizado por Kiamu para hacerlo con dsixda's kitchen, que está explicado y funciona muy bien.
Busca tutoriales por aquí y por XDA.