Lo tuyo es muy raro , es el primer caso que oigo . No creo que obtengas muchas respuestas ya que tu caso es el primero (creo yo) . Dices que al tiempo de instalar custom rom , es cuando deja de funcionar , pero que funciona la primera vez . Con la stock dices que si funciona , pero ..... ¿ has dejado en pruebas funcionando unos dias con la stock rom , a ver , si dejan de funcionar ?
Es raro que funcione en stock rom y no funcione en las custom . No hay codigo , ni programación que pueda alterar dichas teclas en custom rom . Excepto V5 de snipper killer que ya lleva el tweeks para que vibren , pero no para dejar de funcionar (como si se bloqueasen).
Tu problema creo que es de hardware y no de sotfware .
Te aconsejo si todavía tienes garantía , que tires de ella .