Yo igual utilizo swiftkey y es lo mejor en mi opinión.
La notificación no hay forma de quitarla a menos que seas root y pongas alguna Custom Rom. Sin embargo, por lo que comentas creo que no has seleccionado el swiftkey como teclado predeterminado. En mi caso no tengo que seleccionar el swiftkey nunca, me sale por defecto.
Saludos