Mejor si lo guardas en el pc, pero al hacer el wipe factory reset no deberias de perder nada de la memoria interna. Al hacer el backup desde el recovery selecciona todo, a mi en TWRP me da para seleccionar boot, recovery, system, data y cache, hazlo completo.
El backup desde el titanium solo sirve para guardar las app y restaurarlas despues en la nueva rom. Sin tener que descargarlas desde el market, ademas no pierdes las partidas guardadas u otra informacion.