Los wipes solo borran las carpetas genericas de android (en algunos casos solo ciertos archivos dentro de estas carpetas y particiones) pero no las que crean los kernel para su configuracion o los MOD de rendimiento. Estas suelen ir en /data y /system.
Los format al igual que pasa en un PC eliminan todos los datos de esas particiones con lo que tambien eliminan los Script, configuraciones y carpetas de los MOD y kernels.
Haciendo los format no es necesario los limpiadores, claro que son un momento de nada y por seguridad si se quieren pasar no estan de mas.