A ver, a ver. No creais tanto que para eso están los curas.
Con el TWRP, supongo que el ClockWorkmod pues igual:
Format /data -> Borra datos, aplicaciones y la "tarjeta SD" (la carpeta /data/media)
Factory Reset -> Borra datos y aplicaciones, pero respeta la carpeta /data/media
Wipe /system (Format /system) -> Borra la partición del sistema, donde se encuentra la ROM instalada y con ello las GApps. Por tanto, justo después de esto se debe instalar la ROM y las GApps, siempre de la misma versión de Android, ya que si no, los datos y aplicaciones podrían no funcionar, pero NO se pierden ni borran.
Resumiendo:
Actualización de ROM: solo wipe /system. Después instalar nueva ROM
Cambio de ROM: Factory Reset y wipe /system. Luego ROM nueva.
Vendemos el teléfono o queremos dejarlo impoluto: Wipe /system, instalar nueva ROM y Format /data.