Bueno es que (coño es verdad

), si no recuerdo mal, esta ROM Xperia no tiene habilitado el init.d.... en este caso no debería de darte problemas Flyon :S (newtonskate a ver si puedes confirmarlo plis, que no tiene soporte init.d habilitado), yo es que te hablaba de memoria y tenía en mente que, tanto en la Stylus como en la Xperia, tenían habilitados el init.d pero no es así (mis disculpas), los problemas en estas ROMs me surgienron por yo instalar a parte el soporte init.d. O al instalar la ROM oficial, que esta sí que trae init.d.
En esta ROM no deberías de tener problemas con Flyon, disculpa la confusión :S. En el caso de que uses la ROM oficial lo que propones es correcto, deshabiltas (temporalmetne) permisos root al init.d, borras los scripts que tengan de nombra "ZipAlign" (son 2) y vuelves a dar permisos root a init.d, reinicias y listo.
saludos!