He hecho la copia y ha ido todo bien, pero he tenido algunos problemas para copiarlas al ordenador.
Pongo aquí lo que he hecho por si a alguien le pasa lo mismo:
Primero he creado una carpeta llamada "Copia EFS" en la ruta /sdcard y he medido los dos .img dentro de dicha carpeta, una vez hecho eso he conectado el nexus al PC y no podía ver la carpeta. Desde Windows, en la barra de direcciones he puesto "Nexus 4\Almacenamiento interno\Copia EFS" y a partir de ahí ya se ha hecho visible la carpeta, algo un poco raro pero me ha funcionado.
Gracias!