El rooteo e intercambio de memorias no formatea niguna de las 2, solo cambia los punteros.
Para rootear te recomiendo UnlockRoot:
http://www.unlockroot.com/download.html
descarga el azul, en opcion FREE
Y con respecto al intercambio, seria bueno que hagas un backup de tus app y datos, por las dudas, yo instale el cambio de memorias cuando flashee mi movil, no sabria decirte si afecta a la relacion app-datos