En primer lugar no conozco ninguna manera de hacer un backup de la carpeta es efs sin ser root, y de todos modos te digo que en los terminales Samsung y más aún en la familia galaxy S prácticamente todo es y se hace de la misma forma, o muy muy parecida. Así que flashea tu stock tranquilo que las posibilidades de que se brickee tu teléfono son las mismas de que lo hiciese en su día tu S3. Aun así esto no quiere decir que no existan esos riesgos, aunque si que son muy bajos. Para no ir más lejos, hoy mismo ha recibido un amigo mio un Nexus 4 nuevo, debido a que el anterior le murió cuando le saltó la actualización por OTA de la 4.3.