http://www.darksideteam.com/forumdisplay.php?fid=47
http://www.dev-puremod.es/forumdisplay.php?fid=47
Echa un ojo estos link tenemos muchos tutoriales, por desgracia son para proyectos oficiales (CM, PAC-ROM, Carbono, Slim...) y no suelen tener el ACE entre sus terminales. Para el es mas complicado, tendrias que cambiar librerias y archivos de propietario entre otras cosas como ajustar las resoluciones de pantalla para que no se montem letras, iconos o botones.
EDITO: lo mas sencillo es empezar tematizando ROMs para ir conociendo su interior poco a poco, luego ir poniendo Tweak o similares o cambiar app.
Todo lo puedes hacer facilmente con winrar, 7zip o similares ya que los apk si los asocias a estos programas tambien los descomprime y para cambiar iconos no es necesario descompilar las aplicaciones. Para tocar los XML si pero eso ya creo que deberias dejarlo para mas adelante cuando ya tengas mas experiencia.
Sobre todo para entrar mas en materia y niveles mas avanzados es saver manejar linux, pero no la parte grafica si no los comandos desde el terminal ya que por similtud Android y linux usan los mismos. Es mas facil y tendras mas cosas para toquetear desde linux que desde windows (por ejemplo compilar una ROM completa). Otras cosas si podras hacerlas desde windows metiendo programas librerias y script pero otras es imposible y uno de los problemas mas visibles es que windows no distingue mayusculas de minusculas y esto es importantisimo.