int2ext y Link2sd son sistemas totalmente distintos, has de tener cuidado incluso con los backups.
Lo mejor en tu caso, sería hacer copia con el titanium, formatear todo y volver a empezar (como la famosa película ochentera).
Link2sd por ejemplo, deja un script dentro de /system/etc/init.d/. Acuerdate de borrarlo antes de pasar a int2ext o tendrás 'bootloop' como dicen los angloparlantes.
Por último, deberías formatear de nuevo la partición ext de tu tarjeta microsd y luego seguir este tutorial (que ya conoces, lo pongo para futuras búsquedas):
¿Tienes problemas con tus particiones ext4? Come here...
Sauludos.