Hola
Antoniomfc 
No he entendido bién cúal es el problema ...
El
Root sólo se pierde si lo desinstalamos o si flasheamos un
RUU (rom oficial)
Lo que si que es posible es que, si a una aplicación le has concedido permisos de superusuario, y esa aplicación es modificada (por actualizarse o reinstalarse), tengas que volver a concederle permisos...
Eso es por seguridad, por si la modificación fuese "maliciosa"...
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Estoy dando por supuesto que, cuando concedes permisos de superusuario a una aplicación lo haces de modo permanente (no seleccionando que te vuelva a preguntar si le concedes permisos dentro de "X" tiempo).....
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Salu2
