Creo que con el cwm recovery puedes formatear las diferentes particiones.
Asegurate de las compativilidades rom/recovery
Haz siempre los wipes cache, data, dalvik cache antes del flasheo.
No deberias tener problemas, yo he flasheado uno hace dos semanas con los problemas que describes al principio, ahora corre CM10.1 y va fino fino como cabe esperar de un doble nucleo