Pues nada, lo vuelves a descargar y listo. Ten en cuenta que cuando compras una app, ésta se asocia a tu cuenta de GMail, si no cambias de cuenta cuando cambies la rom, seguirás teniendo acceso a ella desde el Market.
Yo he cambiado varias veces de rom y lo único que tengo que hacer con el Copilot es volver a activarlo cada vez que flasheo una nueva. Por lo demás, sin problema.