Sinceramente y, respondiendo a tu pregunta, creo que hoy por hoy sigue siendo de las mejores relación calidad & precio que te puedes encontrar en el mercado.
La comparación que estás haciendo no es la adecuada ya que estás comparado el Nexus 4 con los modelos "top" de las principales marcas recientemente lanzados. Tomando como referencia Mediamarkt (ya que es el establecimiento que has visitado):
Xperia Z: 639€
Samsung S4: 599€
HTC ONE: 591€
Huawei P6: 409€
Nexus 4: 299/349€ (más gastos de envío)
Estás hablando de modelos más recientes con un coste superior mínimo de 240€ (quito el Huawei pq sinceramente a mí no me convence nada y, ojo, contando con el precio de terminales libres. Si lo puedes conseguir por puntos, portabilidades, etc ya es otra historia).
Quizá si quieres ser más justo en la comparación puedes coger un S3 que está por 379€ y ver cuál te convence más.
Sobre las personalizaciones...eso es criterio muy personal. Yo prefiero instalaciones limpias, sin capas, añadidos ni nada. Si a ti te gustan más otras opciones ya depende de ti la valoración pero no podemos ni puedes realizar comparaciones.
Por supuesto que tendrás mejor cámara, mejores materiales y tendrás una "percepción" diferente...pero en la experiencia de uso diaria, no notarás diferencia.