Hola kskbl23,
vamos por partes, a ver si puedo ayudarte.
Como comentario primero, aunque supongo que ya lo habrás tenido en cuenta, los ficheros reg que se crean deben acabar con una línea en blanco, si no no funcionan (esto te lo comento por si acaso). Además, justo esos reg no puedes ejecutarlos directamente porque no te van a funcionar dado que no modifican cosas del registro sino que lo preparan para que el xda_uc ejecute esas instrucciones (realmente se podría hacer, pero es un pelín complicado).
Respecto a los dos reg que indicas te puedo decir lo siguiente:
1er reg: en principio parece correcto. El problema que te puede estar pasando (creo que le pasaba lo mismo a caballa y lo solucionó como te voy a indicar, quizás pueda confirmarlo él) es que tu reg copia una serie de accesos directos a carpetas que puede que todavía no existan. Esas carpetas las genera el xda_uc al reorganizar los iconos y eso no lo hace hasta el final, justo antes de resetear. Para poder hacerlo deberías poner en el reg primero instrucciones que creen el directorio y luego esas que lo copian.
2º reg: yo siempre he utilizado la instrucción dircopy para copiar el contenido de carpetas no para ficheros. Para ficheros es la instrucción copy, que le indiqué a un compañero cómo funcionaba en el post 142 (puedes echarle un vistazo). Lo que podrías hacer es quitar los ficheros concretos y copiar las carpetas aunque sólo haya un fichero.
De cualquier modo, creo que para lo que quieres hacer te viene al pelo el ejemplo que puso Gmo y que está reflejado en el tercer post.
En el primer archivo que se llama "contenido de la carpeta xda_uc" explica cómo ha creado una réplica de las carpetas de la memoria interna con lo que quiere copiar y en el ejemplo "gmo_config.reg" en las primeras instrucciones explica la instrucción que pone para copiar todo a la memoria interna desde la SD. Es con lo siguiente:
Windows Registry Editor Version 5.00
; Esto copiara todo el contenido de la carpeta auto, al root
[HKEY_LOCAL_MACHINE\Software\XDA\DirCopy]
"\\"="\\Storage Card\\XDA_UC\\Auto_FilesCopy" (ver nota*)
Deberías mirarlo y si tienes dudas pregunta a ver si podemos conseguir que te funcione
Saludos