Puedes comprueba varias cosas.
A) Entra en ajustes/ tu cuenta de Google y comprueba que este activada la sincronizacIón de contactos
B) Si no sincroniza la cuenta de Google comprueba que no tengas una aplIcación que te la esté jugando (algunas aplicaciones como por ejemplo battery Gurú toman el control de la sincronización y no se sincroniza hasta que la aplicación no le deja)
C) comprueba que los contactos que te muestra las aplicación de contactos, son todos o los de Google al menos (en la aplicación de contactos AJUSTES/CONTACTOS QUE MOSTRAR)