Quizás no sea lag, sino una lentitud normal al abrir aplicaciones o realizar multitasking, que es obvio porque el procesador trabaja a una velocidad más lenta, por lo que procesa las tareas más lentamente.
Respecto a tu duración de batería, cuánto dura con tu configuración de 1000Mhz/1000Mhz? La verdad encuentro un poco grotesco utilizar una velocidad mínima de procesador igual a la máxima, es tener la CPU de tu teléfono a todo vapor todo el tiempo.