Vaya vaya...
He movido tres aplicaciones de 50mb a la SD (al moverlas como en las capturas anteriores me indica que ocupa mas) y:
-En ajustes/Almacenamiento, me aparecen ocupando más (antes 1GB ahora 1,01GB)
-En ajustes/Aplicaciones, me aparece efectivamente más espacio libre (antes espacio libre 0,91GB ahora 1GB)



EDITO: Nueva información, he usado Clean Master y en su apartado de gestor de aplicaciones si que te aparecen correctamente el a espacio que ocupa cada aplicacion realmente!