El problema que se te ha planteado es por culpa de la palabra "libre" y lo que se entiende como tal.
Me explico: para un sistema operativo como android, libre significa que el uso del mismo el libre y gratuito, y no solo eso, sino que el código fuente del mismo está a disposición de cualquier persona para que lo modifique y distribuya a su antojo, siempre que se acoja a las bases de la licencia/s de Android.
Por otro lado, el rootear no es nada más que obtener los permisos de root (administrador del sistema), el protocolo de seguridad de los SSOO basados en linux es que debe existir un usuario root que posee el privilegio de modificar cualquier cosa. Piensa que actualmente para sacar y distribuir gratuitamente aplicaciones de pago de un teléfono con android basta con ser root. Es comprensible que rootear el teléfono no sea algo que android facilite por el bien de los desarrolladores que amparan y sostienen el market.
Espero que esta respuesta te valga.
Un saludo.
