Compi el root te permite acceder a unos privilegios que hacen accesible partes del terminal que en modo normal no. Por ejemplo siendo root puedes quitar el tono ascendente, hacer copias de archivos del sistema tales como la carpeta EFS (importantísimo), hacer backup de apps, congelarlas, instalarlas como si fueran apps de sistema... El root realmente no supone ningún perjuicio al terminal, lo que si lo puede causar es el uso que hagas de aplicaciones que lo usen, puesto que todo el terminal es accesible, siempre que concedas permisos a una app.
Así que como comparación te digo que el root es tener una tarjeta de crédito, que te gastes mal o bien el dinero es cosa tuya, no es culpa de la tarjeta.
Saludoss