Ok , yo cuando paso de 4.0.4 a 4.2.2 intento hacer una instalacion lo mas limpia posible, precisamente por todo esto.
Lo primero que hago es un backup de la stock, si no lo haces no pasa nada porque hay cientos de ellas para meterlas por odin, pero no perderias todas tus cosad.
Lo segundo guarda todas las carpetas que quieras conservar en el pc, que cuando instales la aokp puedas pegarlas despues.
Tercero vamos a limpiar como dios manda, yo probaria a instalar la aokp desde una base stock, root y recovery modificado.
Si te quieres saltar este paso ya que es un poco porculero puedes pero no te aseguro nada.
Empezamos
Vamos a limpiar
Supongo que t3ndras la rom y gaps en la sd card, asi que no formatearemos la sdcard aunque yo lo prefiero para no dejar restos, simquisieras hacerlo t3ndrias que meter , rootear y modificar recovery de una stock.
Wipe factory reset wipe data wipe cache
Format system cache data preload y sd card segun como lo hagas stock por odin si no ,,,, noooo
Instalas rom y seguidamente gaps, wipe data y cache se finis
Y ya me cuentad