Aunque seas superuser le tienes que dar expresamente permisos administrativos a la aplicación, cuando una aplicación necesita permisos de superuser te los pide.
A lo mejor le denegaste permiso sin querer.
En mi versión de android se gestiona así:
Menú ajustes -> bajas hasta la penúltima pestaña (#superusuario)
Ahí te debería aparecer el root explorer en el apartado "denegar". Entras y borras ese registro. Vuelve a ejecutar root explorer y te volverá a preguntar si le das permisos de superuser.