Aver, las custom roms a veces no sientan muy bien a ciertos moviles, pero no se yo si va a ser la causa de eso.

Como muchos saben, el tema USB es un quebradero de cabeza para los S2, miraselo aver si tienes pin doblado o simplemente está sucio.
Si ya hiciste cambio de bateria y de rom... pues posiblemente tengas componente mal.
Yo te aconsejo que metas una stock rom para descartar que algun mod u overclock de las custom esté fastidiandote, asi como algun kernel de paso.

Muchos tambien solucionan estos problemas cambiando el circuito del USB que suele ser facil y barato por internet, ya que pudiera ser que no está cargandote la bateria correctamente y te la descarga tambien mal.

Yo le meteria una Stock con kernel seguro y le haria los wipes para dejarlo superlimpio, y observaria el tema primero.... y si siguiera en las mismas ya miraria el tema usb, baterias, componentes o lo que sea despues.

Resumiendo: como le digo a todo el mundo, agota la via software primero y luego centrate en el hardware.