Buenas,
Me parece que puedo responder a alguna de tus preguntas:
-Memoria interna: Date cuenta que el movil cuando lo compras viene con algunas aplicaciones instaladas, como por ejemplo la radio FM, ajustes, telefono,... digamos que son las que hace funcionar el movil. Si quieres ver cuales son estas aplicaciones, en el link2sd arriba a la derecha hay un icono que es el de un embudo, le das y seleccionas sistema. Con esto te mostrara oviamente las aplicaciones del sistema. Tambien hay a veces que tienes que salir de la app para que se actualize los tanto %
-2ª particion de la tarjeta sd: Si, aqui es el "lugar" donde estan moviendo las apps. Recuerda que si quieres mover la aplicacion entera (para que tengas mas almacenamiento interno) tienes que primero darle a mover a memoria interna y luego a crear enlace, seleccionas las tres opciones (hay a veces que solo te deja 2) y creas el enlaze y ya esta. Te recomiendo que siempre crees el enlace en vez de mover la aplicacion a la SD, porque sino no te mueve las librerias y con el enlaze si.
-Sistema: Exactamente aqui no se lo que hay que hacer, me parece que no se puede liberar esta memoria, pero no estoy seguro. Ademas esa no se untiliza para el usuario.
Un saludo y espero que te haya resultado util ;)