Tienes que flashear el boot.img de la ROM que se encuentra en el zip de la misma, lo extraes y lo pones en la carpeta donde tengas el fastboot en el pc, abres una consola de comandos y la pones en ruta con el boot.img, eso se hace con "cd" seguido de la ruta.
Ahora el teléfono lo enciendes en modo bootloader y con vol- y vol+ te pones encima de la opción fastboot le das y si tienes los drivers del telefono y el SDK de android instalados (imagino que si por lo que dices de que lo tienes rooteado), escribes en la consola "fastboot flash boot boot.img" sin las comillas, tarda unos segundos y cuando termine reinicias el telefono y tardará un poco por ser la primera vez pero ya tendrás tu terminal bien de nuevo.
Añado el enlace a donde viene el comando mejor explicado para flashear el boot.img que puede que a mi se me haya colado alguna letra:
http://www.htcmania.com/showthread.php?t=411098
PD: yo creo que es eso lo que te falta por lo que has dicho, a no ser que tras flashear por recovery la ROM hayas hecho wipes de todo, entonces eso añade pasos jaja
