Pues es muy raro que por culpa de una sd no te reconozca cwm, pues directamente si ves ese un problema cambiala pero ya si no no se como vas a poder meter una buena room cocinada...
Si aun asi no puedes lo mejor que puedes hacer es hacer un hard wipe por completo.
Tienes tres formas de hacerlo:
1º.- Algunos Xperias tienen un code *#*#7378423#*#* , enciendes el terminal y le das a llamada de emergencia, metes el code se te habre un menu, seleccionas Customizacion Settings, luego Reset Customizacion y vuelves a aceptar el reseteo y el reinicio del dispositivo, eso si espera a que el proceso se termine.
2º.- Otra opcion es mediante el PC Companion y el Update Service para reinstalar un firm oficial.
3º.- Desde el flashtool
La cuestion es tener que volver a limpiar todo de nuevo y volver a reinstalar una room desde cero.
Si vuelves a instalar la de darivi rootea mediante el script.