Pues te cuento mis experiencias con estos dos modos.
El nand a mi me funciona perfectamente siempre que no quieras utilizar los programas que tienes en el app2sd (si tu rom lo soporta) el Nand+ext es el mismo que el anterior pero con soporte para copiar la particion ext (tiene que ser ext2 o ext3, no es compatible con la ext4)
si tienes estas particiones te lo recomiendo ya que aunque le metas una rom que no traiga soporte para app2sd siempre tendras tus programas guardaditos por si quieres recueperarlos.
La bart que es la que dicen que es la mejor, lo que hace es lo mismo que la Nand+ext (también 2 o 3) y ademas comprime los datos de la partición. (por tanto ocupa menos espacio).
El problema de la bart es que solo me deja hacer la ultima copia (backup) borra el anterior y lo sustituye por el ultimo.
Por este motivo utilizo el Nand+ext ya que me permite tener la carpetita con varios backup, uno original, un modaco 1.5 super estable, una rom 2.1 y la ultima beta...
Espero que te ayude esta informacion, saludos
