No soy muy entendido en fotografía ni tengo cámaras reflex (aunque no me disgustaría) pero por conversación oída hace tiempo (entre profesionales y casi todos con Canon, incluída una 5D Mark II), te comento.
Una buena ayuda a la elección es que mires el precio y variedad de los objetivos para esas cámaras, pues tengo entendido que Nikon tiene menos opciones que Canon, y bastante más caras.
Imagino que dependerá de qué tipos de fotos quieras hacer y hacia dónde evoluciones. Ojos de pez, macros, etc, etc.
Suerte en la elección. Un saludo.