Hola.
Yo no te puedo ayudar con tu problema, ya que no soy programador, pero me ha chocado un poco la forma que tienes de calcular el tiempo... con un sleep 1000?, no se supone que eso ya es un segundo? El resto del tiempo empleado en ejecutar las instrucciones te va a crear una medida de tiempo muy poco precisa (eso creo, vamos).
No te lo tomes a mal..., pero te aconsejo que uses otro método, no se si será el mejor, pero creo que lo ideal sería usar el RTC (real time clock).
Seguro que android ya proporciona clases y funciones para hacerlo.
Saludos
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